یکی از جذابیت های مناطق آزاد در ایران و سایر کشور ها ، معافیت مالیاتی بیست ساله از مالیات های مستقیم است که ضمن ماده 13 قانون فوق الذکر برشمرده شده است . در کنار این معافیت ، مستثنی بودن از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده در محدوده مناطق آزاد را نیز ضروری است به جذابیت های این مناطق اضافه نمود که ضمن بند 3 ماده 52 قانون مالیات بر ارزش افزوده برشمرده شده است .  
اما نکته حائز اهمیت و شرط لازم در برخورداری از معافیت از این مالیات ها ، مقیم بودن در محدوده مناطق آزاد است . پس از احراز مقیم بودن و فعالیت در چارچوب مقررات ، فعالان اقتصادی میتوانند از تمام این معافیت ها استفاده نمایند .
برای تعریف مقیم و اقامتگاه فعالان اقتصادی در محدوده مناطق آزاد لازم است ابتدا به ماده 5 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد اشاره کنم.
در این ماده ذکر شده است که مناطق آزاد منحصراً بر اساس این قانون و اساسنامه های مربوط اداره خواهند شد و در موارد پیش بینی نشده تابع قانون تجارت خواهند بود . حال در خصوص تعریق اقامتگاه به ماده 590 قانون تجارت اشاره میکنم " اقامتگاه شخص حقوقی محلی است که اداره شخص حقوقی درآنجا است. " اما در عمل و برای تبیین سهولت بیشتر فعالان اقتصادی در مناطق آزاد (و ویژه اقتصادی) در تعریف اقامتگاه و در نتیجه عدم پرداخت مالیات برای فعالیت در محدوده این مناطق لازم است به تحولات بعدی توجه نمود .
در بخشنامه شماره 37756/9246- 4/ 30 مورخ 2 / 9 / 1376 شورای عالی مالیاتی اشاره شده است که :  معافیت مالیاتی مندرج در ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد فارغ از محل اقامتگاه قانونی اشخاص  می باشد و صرفاً ناظر به آن دسته از فعالیت اقتصادی انتفاعی مودیان خواهد بود که با رعایت مقررات مربوط در محدوده مناطق آزاد صورت می پذیرد . و نیز بدیهی است که این معافیت مالیاتی شامل  آن قسمت از درآمد اشخاص که از فعالیت در خارج از مناطق آزاد حاصل می شود ولو اقامتگاه قانونی آنها در مناطق آزاد باشد ، نخواهد بود .
از سوی دیگر موضوع اقامتگاه و مقیم و بالتبع اشخاص مشمول معافیت مالیاتی ( موضوع مالیات بر ارزش افزوده ) در مناطق آزاد ( و ویژه )  در تاریخ 4 / 9 / 1392 در هیات عمومی دیوان عدالت اداری مطرح شد . در بند اول رای هیات عمومی دیوان عدالت اداری ، اقامت منصرف از ماده 590 قانون تجارت دانسته شد . به این ترتیب فعالان اقتصادی در مناطق آزاد ( و ویژه اقتصادی ) فارغ از اینکه اقامتگاه قانونی آنها کجا می باشد ، مشمول معافیت از مالیات بر ارزش افزوده می شوند البته مشروط بر اینکه دارای مجوز فعالیت ( بهره برداری ) از سازمان منطقه آزاد ( یا ویژه ) مربوطه باشند .
بنابراین با عنایت به نظرات شورای عالی مالیاتی و آراء هیات عمومی دیوان عدالت اداری میتوان دریافت که شرط برخورداری از معافیت مالیاتی در مناطق آزاد ، داشتن مجوز فعالیت (بهره برداری ) با فرمت ابلاغ شده به مناطق آزاد ( و ویژه ) می باشد . پس از تحولات مطرح شده با پیگیری های صورت پذیرفته توسط دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری – صنعتی و ویژه اقتصادی ، موضوع صدور فرمت خاص برای صدور مجوز فعالیت ( بهره برداری ) در مناطق آزاد ( و ویژه اقتصادی ) در جلسه هیات دولت مورخ               16 / 5 / 1395 با شماره 57230/ت 53355 ه تصویب گردید که مهر تاییدی بود بر معافیت کامل از پرداخت مالیاتی که قبلا مورد مناقشه قرار گرفته بود ، حدوداً دو ماه بعد و در تاریخ 1 / 8 / 1395 ، سازمان امور مالیاتی نیز با صدور بخشنامه شماره 50/95/200  این موضوع را ابلاغ نمود .
 هم اکنون کلیه پیمانکاران و فعالان اقتصادی در مناطق آزاد ( و ویژه اقتصادی ) می توانند با توجه به حاکمیت سازمان های مناطق آزاد ( و ویژه اقتصادی ) در محدوده این مناطق و با رعایت چارچوب های ابلاغی فوق الذکر ، از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده و مالیات مستقیم معاف شوند ، اما در صورت عدم رعایت ، بدیهی است که معافیت مالیاتی آنها به خطر خواهد افتاد.
 
اباذر آذربون ـ کارشناس حقوقی شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی