اصلاح معافیت‌های مالیاتی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در شرایطی که یکی از مشوق‌های اصلی سرمایه‌گذاری در این مناطق بوده و از قوانین مربوط به آنهاست موجب اختلاف نظرها و چالش‌هایی بین مسئولان مربوطه در مناطق آزاد، دولت و مجلس شد؛ موضوعی که هنوز تصمیم نهایی در مورد آن اتخاذ نشده است.